氣相色譜柱是氣相色譜儀的核心，選擇合適的色譜柱至關重要。色譜柱的類型有毛細管色譜柱和填充色譜柱。

毛細管色譜柱：內徑較小，一般為0.1-0.7mm，內壁固定液膜極薄，中心是空的，阻力小，渦流擴散項不存在，譜帶展寬變小。長度可為填充柱的幾十倍，總柱效高。分析速度約為填充柱的數十倍，適用于復雜樣品分離，如農藥多殘留、有機物污染檢測等。但內徑小、柱容量小，對進樣技術要求高，載氣流速控制精確。

填充色譜柱：固定相為顆粒狀的固體吸附劑或涂覆在惰性固體顆粒上的固定液液膜。適用于簡單的永久性氣體分析和低分子量有機化合物分析，成本低，經濟效益好。